一般來說耐藥性是基因突變引起的藥物對突變菌的效力降低,治療過程中如單一使用一種敏感藥,菌群中大量敏感菌被殺死但少量的自然耐藥變異菌仍然存活,并不斷繁殖,最后逐漸完全替代敏感菌而成為優勢菌群。結核病變中結核菌群數量愈大則存在的自然耐藥變異菌也越多。
現代化學治療多采用聯合用藥,通過交叉殺菌作用,防止耐藥性產生,聯合用藥后中斷治療或不規律用藥仍然可以產生耐藥性產生機制,是各種藥物開始早期殺菌作用素的差異某些菌群,某些菌群只有一種藥物起滅菌作用,而在菌群再生長期間和菌群延緩生長期藥物抑菌濃度存在差異所造成的結果。因此強調在聯合用藥的條件下也不能中斷治療,短程療法最好應用全程監督化療。