雖然到目前為止,病因沒有完全的明確,但是考慮跟感染腸壁血循環障礙,飲食不當,免疫功能低下等多種因素綜合損傷有關。
腸壁黏膜缺血缺氧性損傷,主要有有新生兒窒息,肺透明膜病,嚴重的敗血癥,休克等危及重癥時會出現腸管而血流量明顯減少,導致腸黏膜缺血壞死,新生兒紅細胞增多癥,早產兒,低體重患兒,容易發生血液濃縮血液黏稠度增高,而致心排血量減少,進而發生腸黏膜微循環障礙。人工喂養兒奶粉配制的過濃,及高滲藥物容易在腸道內,需吸收大量水分而轉化為等滲溶液,直接影響到血容量和腸系膜的血液灌注,導致腸黏膜的損傷,還有重癥的肺炎休克,低血壓等等。
如心臟手術后栓塞性疾病,脈管性疾病和血栓形成性疾病也可以出現,感染,一般起病急發熱中毒癥狀比較明顯。
還有腸功能失調,感染窒息休克等多種原因極易導致腸功能,和梗阻和代謝產物排泄受阻,腸擴張壓力增加而導致。
免疫功能低下,尤其是新生兒,早產兒,低體重兒,一些免疫球蛋白分泌不足,胃腸道屏障功能薄弱及易發生感染,而造成腸炎壞死。