它是通過阻斷炎癥反應，調節免疫功能，根據患者病情給予個體化綜合化的治療，原則上應盡早控制疾病的癥狀，促進緩解，維持治療，防止疾病的復發，防治并發癥和掌握手術治療的最佳時機。
通常給予一些抗感染藥物，包括一些水楊酰硫氮磺胺吡啶，對于治療各種的結腸炎，防止并發癥有較好的療效，有的會引起惡心、嘔吐、頭痛、皮疹、粒細胞的減少、貧血或者是肝功能不良。如果是沒有見效或者是有不良反應，可改用甲硝達唑或者是新霉素等藥物也是有很好的效果。
還有一種就是激素治療，腎上腺皮質激素、氫化可的松和強的松可改進全身癥狀，使病程緩解，排糞次數減少，復發癥狀減輕和食欲的增加。但也有的病人效果不好，并可使潰瘍穿孔、出血和愈合的緩慢。現在認為應用范圍較小，對于急性爆發性或者是早期發作嚴重的病人可使癥狀明顯減輕，病情好轉，對于一些長期的反復發作的效果并不滿意。皮質激素單位溶于葡萄糖溶液靜脈滴注癥狀改進后改用肌肉注射，氫化可的松靜脈注射癥狀緩解后逐漸的減量可給藥物，皮質激素對緩解癥狀比可的松的效果要稍微好一些，但維持緩解的效用不如可的松，這種治療如癥狀無改進，不應繼續超過兩周。
還有其它的一些治療，包括一些免疫抑制藥治療或者是一些止瀉治療，應該在醫生的指導下根據個人的癥狀來進行治療方案。
