男性結石與身體的代謝因素、尿路梗阻、感染、異物和藥物的使用是形成結石的最常見的原因。
代謝因素比如體內尿結石的物質排出增加,比如尿中鈣、草酸、尿酸、胱氨酸排出增加,會導致形成結石的物質增多,尿ph改變,容易導致結石形成增加,比如在堿性尿中形成磷酸鎂銨,即磷酸鹽結石。尿量減少,尿中鹽類物質增多,也容易導致結石。尿中抑制晶體形成的物質減少,比如枸櫞酸減少,也會導致。
局部因素,尿路梗阻、尿路感染和尿路存在異物,是誘發結石形成的局部因素,三者相互影響。一些藥物,比如抗艾滋病的藥物氨苯蝶啶、維生素d,都會導致結石成分增加。