克羅恩病的一般治療強調(diào)必須戒煙。早期營養(yǎng)支持治療：一般給予高營養(yǎng)低渣飲食，適當給予葉酸、維生素b12等多種維生素，重癥患者可以給予要素飲食和全胃腸外營養(yǎng)，除營養(yǎng)支持外還有助誘導(dǎo)緩解。腹痛腹瀉可以酌情使用抗膽堿能藥物和止瀉藥。合并感染的病人可以給予廣譜抗生素治療。
藥物治療可以分為活動期治療和緩解期治療，活動期可以給予氨基水楊酸制劑，比如柳氮磺吡啶，柳氮磺吡啶僅適用于病變局限在結(jié)腸的輕中度患者；
美沙拉嗪能在回腸末端結(jié)腸定位釋放，適用于輕度回結(jié)腸型及輕中度結(jié)腸型患者；
糖皮質(zhì)激素，例如布地奈德，全身不良反應(yīng)較少，可以作用于輕中度小腸型或回結(jié)腸型患者；
免疫抑制劑，比如硫唑嘌呤和巰嘌呤，適用于對激素治療無效或?qū)に匾蕾嚨幕颊撸瑢α蜻蜞堰屎蛶€嘌呤不耐受的病人可試換用甲氨蝶呤。
抗菌藥物，主要是硝基咪唑類和喹諾酮類藥物。甲硝唑?qū)Ω刂懿∽儯h(huán)丙沙星對瘺有效。
生物制劑，英夫利息是促炎性細胞因子的拮抗劑。緩解期治療也是使用氨基水楊酸制劑和或者是糖皮質(zhì)激素。維持緩解治療用藥的時間可以長達三年以上。
再就是手術(shù)治療，因為手術(shù)后復(fù)發(fā)率高，所以手術(shù)的適應(yīng)癥主要是針對并發(fā)癥。
包括完全性腸梗阻、瘺管與腹腔膿腫、急性穿孔或不能控制的大量出血，這種疾病的預(yù)后經(jīng)治療可緩解，也可以自行緩解，但多數(shù)患者反復(fù)發(fā)作、遷延不愈，患者在病程中出現(xiàn)并發(fā)癥而需要手術(shù)治療，預(yù)后較差。
