腸套疊按病因分型分為原發性腸套疊和與繼發性腸套疊兩類。
大部分的原發性腸套疊是發生在嬰幼兒時期,其中尤以四個月到十一個月者最多,男童約為女童的兩倍。一般認為小孩常會有腸蠕動功能紊亂,或腸痙攣發生,嚴重持續的痙攣段可被近側的蠕動力量推入相連的遠側腸段,特別是回盲部呈垂直方向連續的位置更易套入。
繼發性腸套疊則多見于成人患者,它是由于腸壁或腸腔內器質性病變,比如說息肉、腫瘤、及闌尾殘端翻入腸內等,被蠕動推至遠側而將腫物所附著的腸壁折疊帶入遠側腸腔。
按照發病部位分型:分為回腸一結腸型、回腸盲腸一結腸型、小腸一小腸型,以及結腸-結腸型。