病因目前尚不清楚,但越來越多的研究表明,該病的發生與遺傳因素和環境有害因素共同的作用有關。環境有害因素目前僅報道出一些農藥及藥物與膈疝有關。遺傳因素中最常見的為第十三、十八、二十一號染色體三體異常,染色體結構的異常包括重復、缺失、轉位導致等等。隨著研究的不斷深入,越來越多的與CDH有著密切聯系的基因被鑒定出來。
至今為止仍未能明確某個或者某些基因為CDH發生的病因,CDH主要的病理生理特點是膈肌缺損或腹腔臟器上入胸腔壓迫肺臟,肺發育不良以及合并有其他畸形,再伴發畸形中最常見的是心血管系統畸形,包括心肌發育不良、房間隔以及室間隔缺損的。