引起結石形成的因素很多種,包括性別、年齡、種族、遺傳、以及環境因素、飲食習慣、以及職業因素都是形成結石的原因,最常見的就是身體的代謝異常,比如形成尿結石的物質排出增多,尿液ph值改變,在酸性尿中容易形成尿酸和胱氨酸結石;在堿性尿中容易形成磷酸鎂銨及磷酸鹽結晶。
尿中抑制晶體形成或者聚集的物質減少,比如枸櫞酸,以及酸性黏多糖減少等。尿量減少,使鹽類呈過飽和狀態,以及局部的因素,包括尿路梗阻、尿路感染,以及尿路中存在異物都會誘發結石形成。一些藥物,比如維生素d、維生素c1、乙酰唑胺都可以導致結石形成。