一般在臨床上如果患者具有持續或反復發作腹瀉、黏液膿血便、腹痛、里急后重,伴有或者是不伴有不同程度的全身癥狀患者,在排除了急性自限性結腸炎、阿米巴痢疾、慢性血吸蟲病、腸結核等感染性結腸炎以及缺血性腸炎、結腸克羅恩病、放射性腸炎等基礎上,具有潰瘍性結腸炎結腸鏡檢查特征表現,至少一項以及黏膜組織檢查,可以診斷為這種疾病。
一個完整的診斷應當包括其臨床類型、臨床嚴重程度、病變范圍,病情分期以及并發癥等。對于初發病例臨床表現以及結腸鏡改變不典型的患者,暫時可以不作出診斷,但是必須隨訪三到六個月觀察發作情況。