多囊卵巢綜合征的病理變化主要是內分泌和代謝的異常,內分泌的異常主要包括有雄激素分泌過高,黃體生成素和卵泡生成素的比例異常。另外,它的代謝異常主要有胰島素抵抗和胰島素比較高,它的遠期的并發癥主要由于胰島素抵抗和胰島素血癥,還有會導致肥胖,所以容易發展成糖耐量異常或者是糖尿病。
另外,由于血中的脂肪代謝發生紊亂,所以容易引起動脈粥樣硬化。導致冠心病,高血壓。
還有一種并發癥就是腫瘤,由于持續的無周期性的相對比較偏高的雌激素水平,和升高的雌酮對子宮內膜的作用,也沒有用激素來抵抗,這樣就會導致子宮內膜過度的增生,增加子宮內膜癌的發病率。