治療霉菌性陰道炎常選用唑類的抗真菌的藥物與局部治療為主，但是如果沒有性生活史或者是不適合局部用藥者，比如在月經期可以選擇口服的藥物治療。對于單純性的霉菌性陰道炎無論是局部用藥或者是全身的用藥，在治療1個療程結束以后建議停藥7-14天，要進行復查以評價治療的效果，如果沒有徹底治愈，在原有治療的基礎上再多1-2個療程。
另外，對于復雜性霉菌性陰道炎比如說重度的霉菌性陰道炎或者是復發性的霉菌性陰道炎，建議進行強化治療和鞏固治療，對于重度的霉菌性陰道炎如果為口服的或者是局部用藥一日的療法，建議在72小時以后再加用一次，如果為局部用藥是3-7天的方案，則延長7-14天。
對于復發性的霉菌性陰道炎就是治療的方案分為強化治療與鞏固治療，強化治療在達到治愈以后再給予鞏固半年。鞏固治療的方案目前沒有一個成熟的方案，對于選擇口服用藥者可以每周口服氟康唑150毫克一次，連服6個月，也可以根據方案的規律進行每月給予一個療程的局部的用藥，也是連續6個月。
對于復雜性的霉菌性陰道炎在治療之前要做陰道分泌的培養加藥敏實驗選擇敏感的藥物進行治療。但是在用藥時間要注意藥物的副作用，如果出現肝功能的異常立即停藥，副作用消失以后更換其他的藥物。如果性伴侶有癥狀要及時的進行診治，以免是女性發生重復的感染，經過以上治療以后能夠很快的治愈霉菌性的陰道炎。
