結腸炎的病因目前尚未完全明確,目前認為本病的發生,主要是由感染因素,免疫因素,遺傳因素,環境因素共同作用導致的結果。在流行病學研究中發現,飲食不潔的人群高發。根據國外文獻統計,結腸炎患者的直系親屬中發病率比較高,所以它具有一定的遺傳傾向。而結腸炎在發達國家和地區發病率比較高,可能與生活習慣和生活方式有關。所以認為環境因素也是它的病因之一。
不潔飲食導致的結腸炎最為常見,都是因為吃食物吸收到的病毒和細菌的污染所導致的,所以認為感染因素也是它最重要的因素。另外一類比較特殊的結腸炎,比如說炎癥性腸病等這一類特異性結腸炎,這類疾病與患者自身免疫系統反應有關。