發生再生障礙性貧血的時候,由于患者可以出現全血細胞減少,臨床上經常容易和一些其他的引起全血細胞減少的疾病發生混淆,比如說陣發性睡眠性血紅蛋白尿,陣發性睡眠性血紅蛋白尿的患者也可以發生全血細胞減少,骨髓增生減低。
如果是有典型的血紅蛋白尿發作則不能鑒別,但是如果沒有血紅蛋白尿發作的時候比較容易混淆。發生陣發性睡眠性血紅蛋白尿的時候可以出現酸溶血試驗,蛇毒因子溶血實驗和微量補體溶血敏感試驗陽性。
另外發生骨髓增生異常綜合征的時候,有可能會出現全血細胞減少,骨髓也可以呈現低增生的改變,但是,骨髓增生異常綜合征的時候,患者往往有病態造血現象,骨髓有核紅細胞糖原染色是陽性的。