再生障礙性貧血的患者,往往可以發生外周血三系細胞減少,骨髓增生減低或者是重度減低,這一點和陣發性睡眠性血紅蛋白尿是相似的。陣發性睡眠性血紅蛋白尿的時候,患者也可以發生外周血三系細胞的減少,骨髓當中增生的減低。
如果是有典型的血紅蛋白尿發作的時候,比較容易進行鑒別,但是如果沒有血紅蛋白尿發作的時候,二者是非常容易混淆的。再生障性貧血的患者,除了有貧血以外,患者還可以發生出血和感染,網織紅細胞是減低的。
而陣發性睡眠性血紅蛋白尿,除了有貧血以外,出血和感染是比較少見的,而且網織紅細胞出現增高,骨髓當中幼紅細胞增生,而且尿中含鐵血黃素,糖水試驗以及酸溶血試驗是呈陽性反應的。