三叉神經痛包括原發性三叉神經痛和繼發性三叉神經痛,原發性三叉神經痛與年齡相關,腦萎縮和動脈硬化迂曲可能增加血管壓迫三叉神經的概率,從而導致三叉神經痛。較廣泛接受的發病機制是微血管壓迫學說及三叉神經入腦橋區神經纖維無髓鞘包裹或受壓致髓鞘脫失,易受血管搏動的壓迫而導致疼痛。
繼發性的三叉神經痛多繼發于腦橋小腦角區原發病變,如起源于或累及其他腦神經可能早期出現或伴隨出現患側聽力下降,面肌痙攣等,在鑒別上三叉神經痛應該與牙痛相鑒別,如牙髓炎,牙齦炎,根尖周炎等都可能造成疼痛,這時應該相應鑒別。所以牙齦發炎一般不會造成三叉神經痛。