在臨床上,絕大多數的肛瘺是可以看好,也就是說,經過積極的手術治療是可以臨床治愈,但是對于很小一部分的肛瘺,比如說高位復雜性肛瘺,這其中有一部分可能經過很多次的手術治療或者其它治療方式,癥狀改善不明顯,仍然會反反復復的發作,比如說疼痛,腫脹,破潰,流膿。
因為肛瘺分為低位肛瘺和高位肛瘺,又分為單純性肛瘺和復雜性肛瘺。除了高位復雜性肛瘺以外的三種類型肛瘺,治療的效果都還不錯,經過積極的治療基本上都可以臨床治愈。但是高位復雜性肛瘺,因為解剖結構太復雜,而且內口和瘺管有時候很難徹底切除,所以會經常復發,癥狀緩解不理想。