手術主要根據穿孔的部位、病變程度、患者的情況、總體考慮手術方法，以操作簡單迅速，能達到目的，并且減少并發癥為原則。
如果是胃十二指腸穿孔，可以行單純的縫合術，就是急性潰瘍及周圍瘢痕化輕的潰瘍穿孔，可以先切除潰瘍邊緣的壞死組織以及斑痕，然后做全層以及漿基層的雙層縫合。
還有一類是徹底性手術，包括胃大部分切除，迷走神經干切除及選擇性迷走神經切斷術，胃遠端部分切除術，胃空腸吻合術，加和不加迷走神經切斷術等。
如果是膽道自發性穿孔，一般不做過多探查，只腹腔引流術，或者膽囊引流，或者膽總管囊腫引流。過六到八周后，行二期根治，目前也有一期根治的報道。
如果是小腸穿孔，如果是外傷導致小腸穿孔，可以做修補縫合或者切除縫合。
如果是炎癥性小腸穿孔，炎癥較輕的可以一起縫合穿孔部位。如果穿孔部位組織炎癥較重，要行切除病變腸管，然后端端吻合。對于個別情況下，多發的長段穿孔，腸管嚴重炎性水腫，要做近端的小腸造瘺。
對于腫瘤性小腸穿孔，如果是小腸惡性淋巴瘤急性穿孔者，要做包括病灶在內的腸切除吻合術，如果是結腸穿孔一期修補或者切除縫合術，在損傷時間不超過六個小時，糞便污染輕，沒有休克及嚴重的腸粘膜、血管損傷的情況下進行。
有以下情況要進行結腸造口術，患兒情況不穩定，腹腔污染嚴重，損傷超過六個小時，結腸多數損傷，組織血供差，伴有多臟器的嚴重損害，或者高速的火氣傷，修補后外置術主要用于橫結腸和乙狀結腸損傷，因腸袢系膜腸易于游離，簡單快捷，可用于病情較重的患兒。
