小兒腹瀉的鑒別診斷是非常重要的，可以分為感染源引起的腹瀉和非感染原因引起的腹瀉。感染性腹瀉主要由病毒、細菌、真菌、寄生蟲等感染所致，也可能是服用了抗生素導致。非感染腹瀉主要由于喂養不當，牛奶或大豆制品過敏、乳糖不耐受、氣候變化等原因導致的，針對這種情況，我們重點說下輪狀病毒性腹瀉，生理性腹瀉和過敏性腹瀉這些情況。
輪狀病毒腹瀉又稱為秋季腹瀉，是輪狀病毒感染引起的腹瀉，是秋冬季嬰兒腹瀉最常見的原因，可以通過糞口傳播，也可以通過呼吸道感染所致、大便特點是黃色水樣或蛋花湯樣帶少量粘液，病程三到八天。
生理性腹瀉多見于六個月內嬰兒，出生后不久就出現腹瀉，除大便次數增多外沒有其他癥狀，食欲好，不影響孩子的生長發育。
過敏性腹瀉是由于人體腸道內有大量的外來的物質也叫抗原，細菌病毒和食物。腸黏膜通過免疫性機制構成黏膜屏障可阻止抗原進入體內或控制機體對于侵入抗原的免疫反應，如果這些黏膜屏障作用減弱或者喪失，抗原進入人體內引起過敏腹瀉，過敏性腹瀉屬于食物過敏癥，主要見于牛奶乳蛋白和大豆蛋白過敏。乳糖不耐受是吃乳糖就會難受比如引起腹瀉等癥狀，主要原因有先天性和繼發性乳糖不耐受，孩子有乳糖不耐受可以選擇的低乳糖奶粉或者是無乳糖奶粉，食用這種奶粉以后孩子的腹瀉會明顯得到緩解。
