腸道的優勢菌群是專性厭氧菌可以定植在腸道黏膜表面的深部,宿主健康有利的細菌低免疫原性,比如有些擬桿菌或者是雙歧桿菌,乳酸桿菌等等。

再就是包括一些共生菌是腸道的非優勢菌群和原籍菌有共生的關系,一般是沒有傳染性的,比如消化鏈球菌等等。

在外來的細菌病原菌就是在腸腔表面可以游動,比如大腸埃希菌或者是腸球菌,長期定植的機會一般來說是比較少的,多數腸道菌群可以分為革蘭氏陽性的菌群,放線菌群革蘭氏陰性桿菌等等。

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