子宮內膜異位癥最常見的表現有：
1，下腹痛和痛經，疼痛是內異癥的主要癥狀，典型的表現為繼發性的痛經，并且伴有進行性加重，但是有27%-40%的患者她是沒有痛經，因此痛經也不是內異癥診斷的一個必須標準。
2，不孕，內異癥患者不孕率可以高達40%，中、重度的患者可以因為卵巢、輸卵管周圍的粘連而影響受精卵的運輸。
3，性交不適，比較常見于直腸子宮陷凹有異位病灶或者局部有粘連，使子宮的位置后傾固定，在性交時碰撞或者子宮收縮上提而引起疼痛，一般表現為深部的性交痛，在月經來潮前性交痛最為明顯。
4，月經異常，15%-30%的患者有經量增多，經期延長，或者月經淋漓不盡，以及經前期點滴狀的出血，還有一些其他的特殊癥狀。在盆腔外任何部位有異位內膜種植生長時，都可能會在局部出現周期性的疼痛，出血和腫塊，并且出現一些相應的癥狀，比如腸道內異癥，它可以出現腹痛，腹瀉，便秘，或周期性的少量便血。
手術疤痕內異癥患者常在剖宮產或會陰側切術后數月至數年出現一個周期性的瘢痕處疼痛及包塊，并且隨著時間的延長而加劇。
除了上述以外，還有可能子宮內膜異位的囊腫出現一個扭轉或者是破裂而發生急腹痛，多發生于經前期、經后期、性交后或者其它腹壓增加的時候。
