醫院前身為建于1947年的云南大學醫學院附設醫院分院，1950年改為云南省人民政府衛生處總門診部，1955年改建為云南省中醫醫院，1960年劃歸云南中醫學院管理并更名為云南中醫學院附屬醫院，1995年恢復云南省中醫醫院名稱并為醫院第一名稱，2003年1月云南中醫學院附屬醫院更名為云南中醫學院第一附屬醫院。醫院于1994年被評定為三級甲等中醫醫院，2007年被評為云南省中醫名院，2009年被列為云南省中醫臨床研究基地建設單位，2012年經國家中醫藥管理局復審再次被評為三級甲等中醫醫院，是集云南省102家省、州(市)、縣(區)中醫院和相關單位為一體的云南省中醫醫療集團總醫院，目前實行云南省中醫醫院、云南中醫學院第一附屬醫院、云南省中醫醫療集團總醫院、云南省針灸推拿康復醫院、云南中醫學院臨床醫學院五塊牌子一套班子的管理運行模式。系國家藥物臨床試驗機構、國家中藥現代化科技產業(云南)基地中藥新藥GCP中心及國家中醫藥國際合作基地、中醫醫院信息化示范單位、中醫藥文化建設示范單位、中醫藥標準研究推廣基地建設單位、基層常見病多發病中醫藥適宜技術推廣能力建設單位、全國城市社區中醫藥知識與技能培訓示范基地。 　　目前，醫院光華院區實際開放床位742張，2014年年門診量120萬人次、年出院患者2.3萬人次?，F有職工(含離退休)1600人，其中在職職工1278人，有專業技術人員1255人。 　　國家級和省級、院級名中醫54人、傳承博士后導師1人、博士研究生導師3人、碩士生導師114人。設有27個臨床及醫技科室、1個中醫藥健康服務中心;10個臨床教研室、1個模擬實驗中心，2個社區門診部及1個能生產14種劑型80個品種的現代化中藥制劑中心。在全院職工的共同努力下，有建成和在建的國家臨床重點?？?個和國家中醫藥重點學科10個、重點專科10個、重點研究室1個、名醫工作室12個、中醫藥特色優勢學科繼續教育基地3個、全國中醫學術流派傳承工作室1個，以及云南省名醫工作室5個、中醫名科8個、重點專科(專病)27個;有國家級特色專業1個、國家教育質量工程建設項目2個、省級特色專業2個、碩士研究生學位授予點8個、省級重點學科2個，云南省中醫、中西醫結合研究所和研究中心中心11個，云南省高校科技創新團隊、教學團隊、重點實驗室建設項目各1個。具有獨立申報國家自然科學基金項目資格，主持有國家“863”計劃重大科技專項、國家自然科學基金、國家科技支撐計劃、國家科技攻關計劃等科研項目。有飛利浦MRI、美國GE64排128層全身螺旋CT、飛利浦64排128層全身螺旋CT、西門子DR機、彩超、全自動生化分析儀等現代化的醫療設備。 　　幾年來，醫院黨、政、工、團、婦集體先后獲得的表彰、獎勵、榮譽稱號有全國醫藥衛生系統先進集體、全國三八紅旗集體、全國抗震救災重建家園工人先鋒號、全國中醫醫院中醫藥文化建設先進單位、全國中醫藥繼續教育管理先進集體、全國百姓放心示范醫院、全國中醫藥應急工作先進集體、全國教科文衛體系統模范職工之家、云南省社會扶貧先進集體、云南省三八紅旗集體、云南省巾幗文明崗、云南省中醫名院、云南省衛生系統抗震救災先進集體、云南省五四紅旗團委等，“患者說了算”服務模式榮獲“全國醫藥衛生系統創先爭優活動黨建工作品牌特色獎”，云南省中醫藥工作先進集體。