醫院建于1948年，前身為浙江省立衢州醫院，2005年增冠衢州中心醫院院名。現為國家三級乙等綜合性醫院，是浙西地區及閩、贛、皖邊際區域臨床醫療、急診急救、臨床教學、臨床科研和保健康復的中心。衢州市放射質控中心、檢驗質控中心、病理質控中心、麻醉質控中心、臨床護理質控中心、院感質控中心、醫療設備管理中心、心腦防辦、腫瘤防辦、糖尿病防辦等掛靠我院。醫院開放床位770張，設有20個病區，門診醫技科室40余個，統一配置中心供氧、中心吸引、空氣凈化、物流傳輸智能化系統等現代化設施。醫院年門急診55萬人次，住院病人2萬余人次。現有在職員工1000余人，其中高級職稱165人，省級名醫1人，省“151”人才工程5人，市級學科帶頭人及名醫34名，市拔尖人才4人，市“115”人才工程45人。醫院的血管外科為浙江省醫學扶植重點學科；骨科、普外科、神經外科、心內科、泌尿外科、麻醉科、放射科為市重點學科；腫瘤外科、婦科、肝膽外科、內分泌科為醫院重點學科。介入放射學、醫學影像診斷、脊柱、骨關節疾病手術、手與顯微外科、血管外科、顱腦損傷診治、血液凈化、眼底手術、腫瘤放療、消化內鏡診療技術、微創手術等已跨入省內先進行列。近五年來省、市級立項課題有101項，獲廳、市級科研成果44項。 醫院現占地面積99畝，醫療行政用房6萬余平方米。其中以感染性疾病防治為主要功能的醫院分院占地70畝，總建筑面積36188平方米，床位設置326張，一期工程已竣工投入使用，標志著醫院綜合實力邁上了新的臺階。醫院擁有先進的醫療設備，總價值1.2億元。

醫院堅持以病人為中心，強化服務意識；堅持以人為本，強化創新意識；堅持以質量為核心，強化責任意識；堅持以改革為動力，強化發展意識。以優質高效、便捷、低耗為目標，不斷規范醫院管理，完善規章制度，開展優質服務，努力提高醫療服務質量。建立了“有激勵、有競爭、有約束、有活力”的內部運行機制，醫院醫療水平、服務質量得到社會的普遍肯定。

瓦里安醫用直線加速器、西門子核磁共振、西門子螺旋CT、菲利浦數字成影血管造影機（DSA）、菲利浦多功能通用X線拍片機系統、GE全身彩色多普勒診斷儀、雅培全自動生化分析儀、菲利浦直接數字化拍片系統（DR）、菲利浦彩色多普勒診斷儀、STORZ腹腔鏡系統等。