中國民用航空總醫院隸屬于中國民用航空總局，前身為民航北京醫院，創建于1974年4月，1996年升級為中國民用航空總醫院，同時成為北京醫科大學（現為北京大學醫學部）臨床教學醫院。2000年被北京市衛生局評為三級合格醫院，并成為北京市首批基本醫療保險定點醫療機構。　　民航總醫院是一所集醫、教、研為一體、具有航空醫學特色的、不斷發展、富有朝氣的現代化綜合醫院，不僅承擔民航系統干部職工的醫療、保健、健康檢查和航空疾病的研究工作，同時也積極承擔北京市企事業單位和周邊社區廣大群眾的醫療服務工作。　　民航總醫院擁有許多國內外一流水平的醫療儀器設備，萬元以上設備5508萬多元，如擁有當時世界先進的全國第三臺超高檔全身螺旋CT機、國內第一SPECT、亞太地區第一臺AVLOMIN16血氣分析儀、同型號配置的全國第一臺數字化血管減影機（DSA），被稱為中國第一艙的特種高低壓高度溫醫用兩用氧艙、全國第一臺LCS-3000型深度冷凍治癌機、費森尤斯血液透析機、全自動生化分析儀、彩色多普勒超生心動儀、電腦高檔踏車運動試驗機、肺功能儀、數字化多功能X線機（800mA）等大型先進設備。 　　醫院現有床位304張，職工600余人，其中各類醫技人員占70％以上，擁有一支包括56名高級職稱醫技人員和醫學博士、碩士、教授、副教授在內的具有較高醫療技術水平的專家隊伍.　　門診部設有內科、外科、婦產科、兒科、急診科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮膚科、中醫科、傳染科、物理診斷科、理療科、保健科和藥濟、檢驗、放射、病理、核醫學科等科以及消化內科、呼吸內科、心血管內科、肝膽外科、泌尿外科、骨科、胸腦乳腺外科等專科。　　住院部設有內科、外科、婦產科、兒科、空勤干部科等病區。其中內科、外科、婦產科、兒科還設有部分二級科室及ICU\CCU監護病房。　　醫院還附設航空醫學研究室、空勤人員健康鑒定室，專門從事民航醫學的研究工作。 　　民航總醫院擁有許多國內外一流水平的醫療儀器設備，萬元以上設備5508萬多元，如擁有當時世界先進的全國第三臺超高檔全身螺旋CT機、國內第一SPECT、亞太地區第一臺AVLOMIN16血氣分析儀、同型號配置的全國第一臺數字化血管減影機（DSA），被稱為中國第一艙的特種高低壓高度溫醫用兩用氧艙、全國第一臺LCS-3000型深度冷凍治癌機、費森尤斯血液透析機、全自動生化分析儀、彩色多普勒超生心動儀、電腦高檔踏車運動試驗機、肺功能儀、數字化多功能X線機（800mA）等大型先進設備。