學校醫院現有在編職工94人，其中高級職稱20人（含主任醫師1名，主任藥師1名），中級職稱47人，南京市衛生局核定床位80張。醫院設第一、第二門診部、住院部、小衛街社區衛生服務站、仙林校區門診部、江寧校區門診部等六個部分。醫院設有內、外、婦、兒、中醫、眼科、口腔科、耳鼻喉科、預防保健科等22個科室。已形成以醫療、預防為中心，以內外科為主體，以腦血管病、風濕病治療為服務特色的綜合性醫院。目前承擔著教職工、學生、家屬、附近工廠、兄弟院校和流動人口6萬余人的醫療、預防保健任務。2006年醫院再度被評為南京市傳染病管理、預防保健、計劃免疫等先進單位。　　醫院以“關愛師生、奉獻社會、提供優質、滿意的醫療、保健服務”為宗旨，以貫徹ISO9001：2000質量管理體系方針為指導，開展“與病人貼心、治療精心、護理細心、生活關心、環境舒心、管理耐心”的“六心”服務活動，為師生員工、離退休老同志、社區居民提供優質的醫療衛生保健服務。2006年診療123600人次，其中門診109972人次，急診13635人次，住院694人次，搶救病人16人次。家庭病床123余人次，出診治療574次。