現在的東湖醫院占地面積2.6萬平方米，有門診部、20多層的住院樓、肝病研究所、宿舍樓等，承擔著深圳市傳染病的臨床醫療、教學和科研任務，成為深圳、香港、澳門、珠海地區唯一的市屬傳染病專科醫院。 醫院現有各類專業技術人員270人，其中主任醫師19人，副主任醫師69人，博士后1人，博士10人，碩士35人，博士生導師2人，碩士生導師11人，享受國務院政府津貼專家3人，省、市學科帶頭人8人。廣東省“五個一工程”傳染病學術帶頭人1人，中國中西醫結合傳染病學會主任委員1名，廣東省傳染病與寄生蟲學會副主任委員1名，深圳市傳染病與寄生蟲學會主任委員1人，廣東省中西醫結合學會肝病委員會副主任委員1名，中華醫學會深圳分會醫院感染學會主任委員1人。 醫院現有門診部、住院部、體檢中心和醫技科室。住院部設有肝病科(內含重肝病中心、中西醫結合肝病區、普通肝病區、特診肝病區六個病區等)、感染病科(內含感染病區與艾滋病區)，肺病科(內含肺結核與呼吸內科病區)，門診部按二級綜合醫院要求設置，含內、外、婦、兒、中醫、皮膚、康復理療、骨科等，住院部按傳染病三級醫院標準設置。醫技科室有檢驗、B超、放射科等。 1996年以東湖醫院為依托成立深圳市肝病研究所，設有分子生物室、病毒室、免疫室、病理室、細胞室等。