子洲縣衛生局位于縣政府三樓是子洲縣人民政府主管全縣衛生工作的組成部門，為正科級建制。縣衛生局機關行政編制10名。　　全縣共有縣直醫療衛生單位6個（縣人民醫院、縣中醫院、縣婦幼保健站、縣疾病預防控制中心、縣衛生局衛生監督所、縣衛生進修學校），鄉鎮醫療衛生機構共有18個（其中包括6所鄉鎮中心衛生院、12個鄉衛生院）。全縣村衛生室216個，診所34個，縣鄉村共有衛生技術人員588人，開設病床437張，擔負著全縣31萬父老鄉親的醫療預防保健重任。　　近年來，縣、鄉、村三級醫療衛生網絡不斷健全、完善，醫療環境明顯改善，鄉村衛生技術人員素質全面提高，預防保健成效顯著，醫療衛生單位活力明顯增強.