安徽中醫藥大學第二附屬醫院創建于1985年，是全國最早成立和規模最大的省級針灸專科醫院，2005年在全國率先獲得三級甲等中醫針灸專科醫院。是國家中醫藥管理局“中醫藥國際合作基地”、世界針灸學會聯合會“臨床基地”、國家中醫藥管理局“中醫藥標準化研究推廣基地”和中國針灸學會“針灸標準化研究示范基地”。醫院歷經20多年的建設與發展，認真貫徹落實黨和國家衛生與中醫藥工作方針政策，堅持“大專科、小綜合”的發展模式，堅持“以針灸特色求生存、以專科優勢求發展”的辦院方向，各項工作取得了顯著地成效。醫院床位規模進一步擴大，醫療服務質量和效益明顯提高;針灸特色優勢進一步發揮，特色中醫院、重點學科和重點專科專病建設得到加強;人才隊伍素質進一步提高，臨床、教學和科研水平有所提升;對外交流和社會影響進一步擴大，職工凝聚力和發展信心不斷增強。

　　醫院現有編制床位300張，開放床位800張，擁有3個國家級臨床重點專科，2個國家中醫藥管理局重點學科，6個國家中醫藥管理局重點專科。擁有全國名老中醫學術經驗繼承導師4人，全國中醫藥優秀臨床人才3人，首屆“江淮名醫”5人，安徽省中醫藥學科帶頭人第一層次8人，碩士研究生導師16人，設有6個臨床教研室，為針灸臨床專業碩士點，先后接收了美國、加拿大、法國、德國、澳大利亞、日本、韓國、新加坡等國家的留學生、進修生及碩士研究生100多人，有40多名專家赴美國、德國、瑞士、法國、英國、澳大利亞、新加坡、也門、伊朗等國家進行學術交流，與德國、波蘭、新加坡、瑞士等國建立了聯合辦醫、辦學、學歷教育等合作項目，參加也門等援外醫療工作。近五年來承擔了國家級科研課題3項、省部級4項、廳局級35項，獲得省科技成果獎2項，國家發明專利11項。醫院現已逐步形成了以針灸專科為龍頭，以腦病科、骨傷科、老年病科、脾胃病科和康復科為主體，以一批特色專科專病建設為支撐，以開展和應用各類特色針灸療法并結合推拿、手法、中藥、康復等為主要治療手段，以一批具有較好療效優勢病種為標志的中醫針灸臨床學科構架和體系，取得了較大的特色專科規模效應和良好的經濟社會效益。醫院2012年門診病人、出院人次、業務收入與“十一五”期末相比分別增長124%、114%、178%，門診非藥物中醫特色治療比例達到90%以上，病房及門診中醫治療率分別達到75%、92%，中醫治療和中藥費用占業務收入比例達60%以上。

　　當前，中醫藥事業的發展得到了前所未有的高度重視和支持，國務院《關于扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見》提出了一系列政策和措施。安徽省委、省政府《關于深化醫藥衛生體制改革的實施意見》把扶持和促進中醫藥發展列為今后3年醫改6項重點任務之一，明確提出要“大力推進以針灸學術研究為重點的國家中醫藥國際交流與合作基地建設”。安徽省政府《關于進一步加快中醫藥事業發展的意見》對針灸醫院的建設也提出了明確的目標。衛生部副部長、國家中醫藥管理局局長王國強曾兩次視察醫院，并在中國針灸學會第五次全國會員代表大會上明確表示要支持像安徽中醫學院附屬針灸醫院一樣的針灸專科醫院的建設和發展。

　　面向“十二五”，醫院將繼續堅持以科學發展觀為統領，堅持以人為本和以病人為中心的服務宗旨，堅持以針灸特色立院、以專科優勢興院、以質量效益強院辦院方向，堅持實施“名院、名科、名醫”的發展戰略，堅持以專科專病建設為重點、以人才隊伍建設為關鍵、以完善基礎功能為支撐、以擴大對外交流為延伸、以深化改革創新為動力，以強化管理服務為保障的發展思路，實現“規模結構合理、特色優勢凸顯、質量效益較高、管理服務較好，引領全省、輻射全國、面向國際的現代化、專科性、研究型中醫針灸醫院”的建設目標，努力把醫院建設成為具有國內領先水平、在國際上有重要影響的針灸醫學基地，成為針灸醫療、科研和人才培養的中心，成為祖國傳統醫學國際交流與合作的窗口，成為安徽省中醫藥事業的知名品牌。