南京紫金醫(yī)院位于鐘山南麓、美麗的月牙湖畔，是由第二軍醫(yī)大學(xué)南京軍醫(yī)學(xué)院（原海軍醫(yī)學(xué)高等專科學(xué)院）航潛教研室、高壓氧實(shí)驗(yàn)室組合成立的海軍腦血管病康復(fù)中心（1987）發(fā)展而來。1993年南京市衛(wèi)生局正式批準(zhǔn)更名為“南京紫金醫(yī)院”。1998年被中華高壓氧醫(yī)學(xué)分會(huì)確定為腦復(fù)蘇研究治療中心。2001年被南京市勞動(dòng)和社會(huì)保障局指定為醫(yī)務(wù)人員定點(diǎn)醫(yī)療機(jī)構(gòu)。2002年被南京市衛(wèi)生局核定為非盈利性民營(yíng)醫(yī)療機(jī)構(gòu)。