廈門大學附屬中山醫院創建于1928年，由愛國華僑和地方知名人士為弘揚中山先生“天下為公，造福社會”的精神捐資興建而成。時任廈門大學校長、醫學專家林文慶博士出任首任院長。創建初期，醫院開放床位150張，設內科、外科、婦科、兒科和五官科、皮膚病等科室，并創辦一所高級護士學校，奠定了醫教一體的醫院格局。抗戰與文革時期，醫院歷經淪陷和撤并等磨難。1980年10月，廈門經濟特區成立，中山醫院恢復重建，1988年重新開診接收病人。目前，已發展成為一所集醫療、教學、科研、預防保健于一體的三級甲等國家重點大學附屬醫院。

醫院現有床位1600張，教職員工2200余名(含高級專家350人，碩士、博士以上學歷300余名)。年門、急診量達187萬余人次，收住病人近4萬人次。設有35個臨床學科、10個醫技科室、3個分部、4個社區醫療中心。擁有廈門心臟中心、廈門臨床檢驗中心，廈門大學消化疾病研究所、廈門大學器官移植研究所、廈門市老年醫學康復研究所等研究機構。消化內科、肝膽外科、神經內科、神經外科、心內科、心外科、骨科等7個學科為市級重點學科;血液科、老年病康復科、病理科、皮膚科等4個學科為市級規劃重點專科;急救醫學、婦產科、呼吸內科、腎內科、耳鼻喉科、口腔科、整形外科等學科為市優勢學科。配備有國際一流水平的64層螺旋容積CT、1.5T雙梯度超導核磁共振儀、直線加速器、伽馬刀、羅茨雙模塊全自動生化分析儀、數字雙屏板雙C臂血管造影機以及ECT、DSA、DR、彩色B超、血液透析機、雙氣囊電子小腸鏡、超聲電子內窺鏡等現代化儀器設備，設備總值達3.5億元。

醫院設有《診斷學》、《內科學》、《外科學》、《婦產科學》、《兒科學》等12個教研室。內科學、外科學為二級學科碩士學位授予點。擁有一支200余名的教師骨干隊伍，以教授、副教授、研究生導師為主要力量。承擔廈門大學、福建醫科大學等省內外醫學院校包括留學生在內的醫學臨床教學任務以及臨床醫學研究生的培養工作，2006年，經國家人事部嚴格遴選，我院以優異的成績由國家人事部批準設立廈門大學附屬中山醫院博士后工作站。目前擁有包括國家自然科學基金在內的國家級、部省級等各類科研項目已超過200余項。每年發表醫學科技論文數百篇，其中被SCI源期刊收錄的數十篇。

醫院職工積極開展精神文明建設，秉持“團結、敬業、求實、創新”的醫院精神，堅持“以病人為中心”的宗旨，在醫院改革和管理、精神文明和政治文明建設方面取得可喜成果，連續多次被評為省、市文明單位。2003年度被評為福建省抗擊非典先進集體、2004年榮獲全國衛生系統先進集體、2005年被評為國精神文明建設工作先進單位、2008年獲得廈門市五一勞動獎狀和福建省抗震救災先進集體等光榮稱號。

配備有國際一流水平的64層螺旋容積CT、1.5T雙梯度超導核磁共振儀、直線加速器、伽馬刀、羅茨雙模塊全自動生化分析儀、數字雙屏板雙C臂血管造影機以及ECT、DSA、DR、彩色B超、血液透析機、雙氣囊電子小腸鏡、超聲電子內窺鏡等現代化儀器設備，設備總值達3.5億元。

目前擁有包括國家自然科學基金在內的國家級、部省級等各類科研項目已超過200余項。每年發表醫學科技論文數百篇，其中被SCI源期刊收錄的數十篇。

連續多次被評為省、市文明單位。2003年度被評為福建省抗擊非典先進集體、2004年榮獲全國衛生系統先進集體、2005年被評為國精神文明建設工作先進單位、2008年獲得廈門市五一勞動獎狀和福建省抗震救災先進集體等光榮稱號。