流行性出血熱腎損害潛伏期為四到四十六天，典型病例的病程包括發熱期、低血壓期、少尿期、多尿期和恢復期五期。
一、發熱期。起病多急驟，發熱常在三十九到四十攝氏度，以稽留熱和持張熱多見，常持續三到七天。主要表現有全身中毒癥狀、毛細血管損傷、腎損害，表現為頭痛、眼眶痛、腰背痛、全身肌肉關節疼痛、困倦無力，可以出現嗜睡、煩躁、抽搐，皮膚黏膜的充血、出血、滲出、水腫，包括三紅表現為顏面、頸部、上胸部皮膚顯著充血、潮紅。水腫可以為出現皮下水腫、球結膜水腫和胸水、腹水等。典型出血點分布在腋下、前胸及后背皮膚，鼻出血、咯血、血尿及消化道出血。腎損害多在起病后一到兩天出現，主要表現為蛋白尿，尿沉渣發現紅細胞尿。
二、低血壓期發生于病程的第四到六日，持續幾天甚至六天以上，重者可以發生低血壓或休克。
三、少尿期發生于病情的第五到八日，持續三到七天，少尿的程度與疾病的嚴重程度相關，此區出血現象加重，少數患者顱內及其他內臟出血，嚴重的患者出現高血容量綜合征，表現為體靜脈充盈、脈搏洪大、脈壓增大、臉部漲紅和心率增快。部分患者表現為高分解型急性腎衰竭、水潴留、高血壓、充血性心力衰竭、腦及肺水腫等。
四、多尿期一般出現在病程的九到十四日，隨著尿量的增多大多數患者的病情逐漸改善。
五、恢復期一般持續兩到三個月，除多尿及尿濃縮功能減退外無其他癥狀體征，多數患者可恢復尿的濃縮功能，少數遺留慢性腎損害，高血壓和心肌勞損。
