病原學診斷主要包括以下三個方面:
一、標本采集和結核菌的檢測,標本主要來源于包括痰液、超聲霧化導痰、下呼吸道采樣、支氣管沖洗液、支氣管肺泡灌洗液、肺及支氣管活檢標本,涂片陰性不能排除肺結核,連續檢查大于等于3次可以提高檢出率,分離培養法靈敏度高于涂片電解法,可直接獲得菌落,便于與非結核分枝桿菌鑒別,是結核病診斷的金標準,未進行抗結核治療或者是停藥48-72小時的肺結核患者可以獲得比較高的分離率。
二、結核菌藥物性、敏感性監測,對肺結核痰菌陰轉后復陽,化學治療3到6個月,痰菌仍持續陽性,治療菌群減少后有持續增加,即復治患者應進行藥物敏感性監測,原發耐藥率較高地區有條件時,初治肺結核也可行藥物敏感性監測。
三、血清抗結核抗體檢測,血清學診斷可成為結核病的快速輔助診斷手段,但特異性強,敏感性較低。