小兒選擇性IgA的缺乏癥的治療方法主要是治療各種伴發病。比如伴有系統性紅斑狼瘡,應該應用免疫抑制劑。如發生感染,所以敏感抗生素或中藥積極抗感染為主,對于腹瀉的患兒,可以考慮口服含有豐富分泌型IgA的人初乳。但是禁忌輸入含有IgA的心鮮血和免疫球蛋白制劑,當患兒需要輸血的時候,應該輸注洗滌過的紅細胞。
選擇性IgA缺乏癥的預后是本病一般經過比較輕,一些患者到五六十歲,幾乎仍未發現異常的表現,或只有輕度反復呼吸道感染。相當一部分患兒未經治療可以自然痊愈,常在五歲以內,IgA水平達到正常,由于本病的預后主要取決于伴發疾病,應該仔細檢查,有沒有伴發的疾病早期治療。