指甲髕骨綜合征的診斷應根據本病典型的四聯癥,指甲發育不良,髕骨缺失或發育不良,腦骨頭和肱骨小頭發育不良伴或不伴脫位和髂骨角可以做出診斷,根據基因突變分析可以進行基因診斷,通過連鎖分析或以之家系基因突變分析可產前診斷。
鑒別診斷主要包括,一膠原三型腎小球病,本病為常染色體隱性遺傳,有系統性臨床表現,腎小球系膜區和內輸送層可見大量粗大平行排列成豎的三型膠原纖維,二髕骨發育不全,僅表現為髕骨發育小或缺如,無指甲及其他骨骼的改變以及腎臟的變化,三習慣性髕骨脫位,該病有家族遺傳性,髕骨發育小,常向外側脫位,但也無指甲及其它骨骼的改變,無腎臟損害。