第一是藥物治療，采藥物來對抗或者抑制卵巢的周期性內(nèi)分泌刺激，最初使用睪丸酮類的行性激素，因為副作用比較大而且效力不夠強已經(jīng)逐漸地屏棄不用，后來逐漸發(fā)展成為假孕療法及假絕經(jīng)療法。假孕療法適用孕激素的藥物更大的劑量不間斷地長期服用，使得月經(jīng)停止來潮，子宮內(nèi)膜在藥物作用下發(fā)生類似妊娠的反應(yīng)所以又叫做假孕療法，這類的藥物主要由安宮黃體酮，普維拉等。假絕經(jīng)療法，丹那唑是一種雄激素的衍生物效果比較好但是有比較大的副作用，目前廣泛使用的叫葛瑞林，他主要能非常強烈地抑制卵巢的功能時期幾乎完全失去作用，從而達(dá)到治療的目的，由于這種藥物是一種長效的緩釋制劑只需一個月皮下注射一次非常方便，能使子宮內(nèi)膜產(chǎn)生類似絕經(jīng)婦女內(nèi)膜萎縮的現(xiàn)象所以稱為假絕經(jīng)療法。
第二個常用的方法是手術(shù)療法，一般認(rèn)為卵巢上發(fā)聲的巧克力囊腫病變體積往往比較大，或者發(fā)生在其他部位的子宮內(nèi)膜異位結(jié)節(jié)，直徑在2厘米上的，不應(yīng)用藥控制而需要手術(shù)治療，或者經(jīng)六個月甚至一年的藥物治療病情不見好轉(zhuǎn)的，應(yīng)該考慮手術(shù)切除，近年來腹腔鏡的廣泛應(yīng)用已經(jīng)使子宮內(nèi)膜異位癥的治療有了一種新的選擇，特別是在國外已經(jīng)成為越來越廣泛的治療方案。
