一、傳染性單核細胞增多癥，為EB病毒感染所致，血常規也是白細胞升高但以淋巴細胞為主，C反應蛋白多正常或輕微升高，扁桃體上為白色膜狀物。
二、咽結合膜熱，為腺病毒感染所致，實驗室血常規檢查可以和化膿性扁桃體炎一樣，很難鑒別，但扁桃體上的是白色片狀物，而化膿性扁桃體炎為黃白色膿點或膿栓。
三、皰疹性咽峽炎，為柯薩奇病毒感染所致，當皰疹長在扁桃體上時容易誤診，血常規和C反應蛋白也難以鑒別，但皰疹性咽峽炎除扁桃體上可有皰疹外，咽峽部、上腭等處也可見數枚白色米粒狀皰疹，周圍有紅暈。
四、小兒的鵝口瘡，為白色念珠菌感染所致，詳細查體可鑒別。
五、扁桃體激化增生，由于扁桃體反復炎癥，有部分患兒扁桃體上可見一粒白色物體，擦之不去，持續時間較長，但臨床無明顯不適。
六、食物殘渣，當看到扁桃體上有白色物體時，不確定時一定得漱口再看。
七、猩紅熱，為A群β溶血性鏈球菌引起，查體可見在充血腫脹的扁桃體上出現灰色或褐色假膜，易拭去，下層紅，不出血，咽黏膜呈彌漫深紅色，軟腭上有散在的紅點，頸部淋巴結腫大，有時化膿，全身大數淋巴結也可腫大，患者惡寒、高熱、頭痛、嘔吐，可有彌漫細小充血性斑丘疹，楊梅舌。
八、葡萄球菌燙傷樣綜合征，為葡萄球菌感染后免疫因素引起的，此病查扁桃體部分可見扁桃體有白色分泌物。
九、咽白喉，為白喉棒狀桿菌感染所致，很少見，咽輕痛，也可見外周血白細胞計數無明顯變化，
其他因素如化膿性咽炎、扁桃體周圍炎都可導致與急性化膿性扁桃體炎類似的癥狀。
