導致幼兒肥胖癥的原因是遺傳因素,如果是父母均患有肥胖癥,子女患肥胖癥的概率就比較大,甚至超過50%。所以肥胖癥有些情況可以認為屬于是多基因遺傳性疾病。另外就是內分泌因素,許多激素,比如甲狀腺激素、胰島素、糖皮質激素可以調節設施。這種情況肥胖癥患者對胰島素的抵抗而導致高胰島素血癥。
高胰島素血癥可以使胰島素受體調節增加胰島素抵抗從而形成惡性循環。胰島素分泌增多,可以刺激攝取,同時抑制脂肪分解就會使脂肪在體內堆積。再就是進食過多可以通過對小腸的刺激導致食欲增加。其他的激素問題也會導致幼兒肥胖,比如皮質醇增多癥,還有棕色脂肪組織異常,這種情況是因為分布的異常,也會表現為肥胖。