新生兒敗血癥一旦診斷成立的話,就應該盡早的開始治療,以免延誤病情導致非常嚴重的并發癥,比如感染性休克甚至是呼吸循環衰竭。在病原菌尚未明確的時候可以選用抗菌譜比較寬的藥物,重癥感染的時候可以聯合用藥,但應該注意由此引起的菌群紊亂或二重感染。
在細菌培養及藥敏實驗結果出來以后可以有針對性的選用抗生素,如革蘭陽性菌選用青霉素類,產酶菌株選用新青霉素類或第一代頭孢菌素,革蘭陰性菌選用氨芐青霉素或第二、三代頭孢菌素,為了盡快達到有效的血藥濃度,應采用靜脈途徑給藥。療程可以根據血培養的結果,有無并發癥而異,一般七到十四天,有并發癥者應該治療三周以上。