功能性便秘的治療原則是根據(jù)便秘的輕重，病因和類型，采用綜合治療，包括一般治療藥物治療，生物反饋訓(xùn)練和手術(shù)治療。治療的目的是使患者緩解癥狀、恢復(fù)排便生理。
一般治療包括患者進(jìn)行健康教育，了解便秘的慢性過程，為了治療的成功而改變生活方式，包括適當(dāng)?shù)捏w育活動，增加液體和食物纖維的攝入，養(yǎng)成定時排便的習(xí)慣，并且可以適當(dāng)?shù)赜枰孕睦碇委煟僮屑?xì)排除引起便秘的病理性因素以后，對患者做充分的解釋，讓其消除疑慮，確立信心，并且告誡患者某些非處方藥物和長期精神緊張的危害，增進(jìn)患者對治療的依從性。
如果經(jīng)上述的處理仍未奏效者，可以適當(dāng)?shù)氖褂幂p瀉劑，輕瀉劑的基本作用是刺激腸道分泌和減少吸收，增加腸道內(nèi)的滲透壓。對于慢傳輸型的便秘，可以應(yīng)用莫沙必利，依托必利等促動力藥物。另外微生態(tài)制劑可以調(diào)節(jié)腸道的正常菌群，改變腸道微生態(tài)的環(huán)境，還有中醫(yī)中藥治療。另外對于有糞便嵌塞或者是嚴(yán)重地排出道阻滯的便秘，可以采取清潔灌腸的方式。
