急性腎盂腎炎可以累及單側或者是雙側腎臟,表現為局限或者廣泛的腎盂,腎盞粘膜充血水腫,表面有膿性分泌物,黏膜下可以有細小膿腫,一個或者幾個腎乳頭可見大小不一,尖端指向腎乳頭,基底伸向腎皮質的楔形嚴重病灶。
病灶內可見不同程度的腎小管上皮細胞腫脹,壞死,脫落,腎小管腔中有膿性分泌物,腎間質水腫,內有白細胞浸潤和小膿腫形成,炎癥劇烈時可以有廣泛性出血,較大的炎癥病灶愈合后局部形成瘢痕,腎小球一般無形態學改變,合并有尿路梗阻者,炎癥范圍常常比較廣泛。
慢性腎盂腎炎雙側的腎臟病變常不一致,腎臟體積縮小,表面不光滑,有腎盂腎盞粘連,變形,腎乳頭瘢痕形成,腎小管萎縮以及腎間質淋巴單核細胞浸潤等慢性炎癥表現。