口腔局部疾患主要是導致口臭的原因，但不容忽視的是，口臭也常是某些嚴重系統性疾病的口腔表現，有一些器質性疾患也會導致口臭癥。口臭分為病理性口臭和生理性口臭，其中病理性口臭分為口源性口臭和非口源性口臭。
據統計80%-90%的口臭是來源于口腔。口腔中有未治療的齲齒、殘根、殘冠、不良修復體、不正常結構、牙齦炎、牙周炎以及口腔黏膜病等都可以引起口臭。其中齲齒和牙周疾病又是最常見的相關疾病，深齲窩洞內、不良修復體懸突下常殘存食物殘渣或菌斑，細菌經過發酵分解，產生臭味。牙髓壞死或化膿性牙髓炎，未經治療也可發出臭味；牙周病患者常伴有大量的牙石、菌斑，牙周袋內細菌發酵產生硫化氫、吲哚和氨類，因而產生臭味。
口腔鄰近組織疾病如化膿性扁桃體炎、慢性上頜竇炎、萎縮性鼻炎等，都可產生膿性分泌物而發出臭味；臨床上常見的內科疾病如急慢性胃炎、消化性潰瘍出現酸臭味；幽門梗阻、晚期胃癌常出現臭鴨蛋性口臭。
生理性口臭是指饑餓或者是食用了某些藥物或洋蔥、大蒜等刺激性食物、抽煙、睡眠時唾液分泌量減少所致的細菌大量分解食物殘渣等都可能引起短暫的口臭。而健康人的口臭可能由于不良的口腔習慣或口腔衛生造成舌背菌斑增多、增厚所引起的。
