病因目前尚不清楚,但是越來越多的研究表明,該病的發生與遺傳因素和環境有害因素的共同作用有關。
一些農藥、藥物會影響到膈疝,遺傳因素中最常見為第十三、十八、二十一號染色體三體異常和Turner綜合征,染色體結構的異常包括有重復、缺失、轉位、倒置等。
隨著研究的不斷深入,越來越多與膈疝有著密切聯系的基因被鑒定出來,但至今為止,仍未明確某個或者某些基因為膈疝發病的原因。
膈疝的主要病理生理特點是膈肌缺損,腹腔臟器疝入胸腔壓迫肺臟,肺發育不良以及合并有其他畸形,在伴發畸形中最常見的是心血管系統畸形,包括有心肌發育不良,房間隔以及室間隔缺損等等。