乳腺癌的術后除了做常規的HE染色以外，還需要做免疫組化，因為它牽涉到乳腺癌的內分泌治療和靶向治療是否進行。
主要的指標包括ER、PR、HER-2、Ki-67、P53等，其中ER是指雌激素受體，如果是陽性提示預后比陰性患者要好，這里面加號越多越好。PR指的是孕激素受體，陽性提示預后比陰性者要好，為什么ER、PR陽性預后好呢，這是因為正常乳腺上皮細胞內存在ER、PR，當細胞發生癌變時，ER、PR會出現部分或者全部的缺失，如果ER、PR陽性，說明乳腺癌細胞的生長和增殖仍然受內分泌的調控，兩者同時陽性預后最好，一個陽性，一個陰性中，雌激素如果是陽性要好于孕激素陽性。
HER-2與乳腺癌預后的關系是把雙刃劍，HER-2的表達是與乳腺癌分級、淋巴結轉移和臨床分析成正相關的。過度表達表明患者預后不好，一般三個加號認為是陽性，如果是一個加號是認定陰性，兩個加號建議做fish檢測來確認是否需要用生物靶向藥物。對于三陰性乳腺癌，ER、PR、HER-2都是陰性，這種是預后比較差的。
Ki-67是反映細胞增值的一種增值抗原，它的表達與乳腺癌發生發展有關，是一個不良預后因素，數值越高預后越不好。
P53是一種腫瘤抑制基因，它的突變預示著預后不良，P53突變率高的乳腺癌細胞增殖活力強、分化差、惡性度高、侵襲性強、淋巴結轉移率比較高。
