自然流產的病因包括有胚胎的因素、母體的因素、父親的因素和環境的因素。
第一、胚胎的因素,是胚胎或者胎兒的染色體異常,包括數目異常和結構異常。
第二、母親的因素,母親患有全身性的疾病、高熱、嚴重的感染、嚴重的貧血等,母親的生殖系統的異常比如子宮畸形、子宮肌瘤、宮頸的問題,母親有內分泌的異常包括黃體功能不全、高催乳素血癥、多囊卵巢綜合癥,然后還有甲狀腺功能減退、糖尿病血糖控制不良的均可導致流產。
另外如果妊娠媽媽遭受了強烈的應激與不良,比如手術、外傷、心理過度緊張、不良刺激均可導致流產,孕婦過量吸煙酗酒過量、飲咖啡、吸食海洛因等毒品也有導致流產的報道。另外免疫功能影響,包括自身免疫功的異常。
第三。父親的因素,有證實父親精子染色體異常,也可以導致自然流產,環境的因素,孕婦在孕期過多的接觸放射線或者有害有毒的物質均可以導致流產。