血清陰性脊柱關節病的主要癥狀,最典型和最常見的表現為炎性腰背痛,可以為單側,也可以為雙側,或是交替性的臀部或是腹股溝的地方的酸痛,在夜間休息或是久坐時比較重,活動后減輕。其他部位會有附著點炎,比如足跟、足掌部的疼痛,也可見于膝關節,胸肋連接,脊椎骨突,大轉子和坐骨結節等部位的疼痛。一部分患者的首發癥狀可以是下肢的大關節,比如膝或踝關節的疼痛常常是非對稱性反復發作與緩解,較少伴有骨關節的破壞,幼年患者起病尤為常見,可以伴有下腰背的疼痛。
關節外的癥狀30%左右的患者會有反復的葡萄膜炎或虹膜炎,少數的患者會有升主動脈根和主動脈瓣的病變。