菌陰性肺結核首先需要與肺炎相鑒別,肺炎的患者通常具有咳嗽、咳膿性痰,伴有畏寒發熱、胸痛、胸悶等不適。行血常規檢查白細胞多明顯升高,肺部影像學檢查多見到明顯的炎性病灶浸潤,有時可以伴有肺空洞壞死形成,患者多需要行痰培養相以鑒別。
另外就要于支氣管擴張相鑒別,支氣管擴張的患者容易反復發生咳嗽、咳痰以及咯血等癥狀,對于此類患者行胸部影像學檢查可以見到特征性的支擴改變。
還要與支氣管肺癌的鑒別,支氣管肺癌的患者多是以咳嗽、咳血、胸痛、消瘦、低熱等臨床癥狀,患者行胸部影像學檢查可見到典型的占位性病變,患者行支氣管鏡的檢查或相應的病理活檢可以得到確診的目的。