磁共振對于中樞神經系統疾患,如腦、脊髓多處病變診斷優于CT,對心臟和關節內的病變明顯優于CT,對骨骼有的優于CT,有的不如CT,如鈣化的觀察就不如CT。
磁共振在骨科的應用有人認為核磁共振檢查用于骨骼方面占40%,脊柱方面用于診斷脊髓型頸椎病,頸椎間盤突出癥,胸椎病壓迫脊髓等,能觀察脊髓受壓情況,也可用于腰椎管狹窄癥以及腰椎間盤突出癥。關節方面,膝關節半月板損傷,十字韌帶損傷,股骨頭缺血性壞死的早期診斷。外傷方面,疲勞性骨折的早期診斷,脊柱骨折合并脊髓損傷。感染方面,急性骨髓炎的早期椎間盤炎的早期診斷。腫瘤方面,骨和與軟組織良性,惡性腫瘤的判斷,并可了解腫瘤侵犯的范圍與血管神經的關系。