行為治療的基本理念是認為人的行為都是由學習而獲得更改增加或者是清除，通過行為治療加強社交技能減少社交恐懼和焦慮，增加社會交往，可以使67%的兒童病情改善，并且可以有效維持比較長時間。
系統是脫敏療法，對于治療學校恐懼癥還是有效果的，它的一些具體的內容是包括家長和學校積極配合，有計劃的讓孩子減輕對于學校恐懼心理，引起焦慮的環境不敏感以及逐步的暴露，因此兒童逐漸學會了解除更多的悲傷環境，不敏感包括了針對兒童制定一些具體的步驟，開始減輕對學校環境的擔心，比如在學年開始之前參觀一下學校的建筑，早些和老師、工作人員、同學接觸，逐步的暴露應該設計制定進入學校的步驟，開學以后先讓孩子先到學校附近走走，然后逐步地向學校靠近，進入學校感受上學的氣氛，在下課以后坐在教室里，逐步的過渡到坐到教室里上課，可以采用簡短的上學方法，周一、周三、周五上學，周二、周四在家，先下午去上學，然后過渡到全天上學，也可以有家長陪送到學校，有同學陪同上學等等。
開始的時候讓孩子到學校的時間短一點，之后逐漸的延長或者是首先可以選擇上自己喜歡的一兩門課程，先下午上課半天，或者到圖書館兒或者老師的辦公室，然后過渡到規律的學校生活，如果可能地讓學生在學校里待一天，除非是有明顯的一些生物學癥狀，對孩子有進步的時候多給表揚和鼓勵，強化上學行為。
