細菌性痢疾主要與多種腹瀉性疾病相鑒別,對于中毒性的菌痢應該與其他中樞神經系統的疾病所導致的感染性休克相鑒別,急性細菌性痢疾要注意與阿米巴痢疾等鑒別,最終的鑒別依據主要依賴于病原學的診斷。其他的細菌性腸道感染性疾病,如空腸彎曲菌以及大腸桿菌等感染也可以出現腸道感染的癥狀,鑒別有賴于糞便培養出不同的病原菌,也是確診的依據。
另外,細菌性胃腸型食物中毒,因為進食的食物被一些細菌所污染,比如沙門菌、金葡菌、大腸埃希菌等,也可以出現相應的腸道癥狀,確診還是有賴于病原學的診斷以及毒素的檢測。對于中毒性的菌痢要注意和中樞神經系統感染,比如腦炎以及其他的一些特殊感染相鑒別。對于慢性菌痢要注意與腸道的一些腫瘤性疾病以及寄生蟲性的疾病相鑒別。