叢集性頭痛作為功能性頭痛是僅次于緊張性頭痛、偏頭痛的原發性頭痛。
1、曲坦類藥物是選擇性五羥色胺受體激動劑，對顱內外血管有選擇性作用，抑制頭痛發作時的血管擴張。常用藥物為舒馬普坦。
2、麥角胺類藥物：可用于預防叢集性頭痛的發作。
3、類固醇藥物皮質類激素，比如氫化潑尼松、強的松和地塞米松，是起效最快最有效的預防叢急性頭痛的藥物，但是它的副作用也最大，它的主要副作用是骨壞死。所以長期用藥一定要注意，只有在其他一線用藥都無效的時候才考慮使用此藥。
預防性治療的一線用藥是維拉帕米，主要的副作用是便秘，也有可能出現頭暈、肢端水腫、惡心、疲勞、低血壓和心動過緩；2、鋰鹽：由于鋰鹽有效濃度與中毒劑量接近而且有嚴重的不良反應，因此盡量控制在0.75到2.5克每天；二線用藥：若一線預防用藥的療效不滿意可試以二線藥物例如二氫麥角新堿。二氫麥角新堿對突然發作的頭痛有很好的療效，通常每日劑量為四到八毫克，最大劑量可增至12毫克。短期的副作用包括惡心、肌肉痛性痙攣、腹痛和足部水腫，長期使用可導致嚴重纖維化，因此使用受到限制，只能在醫師的監督下用于短期治療；
三線用藥妥泰效果最理想，產生治療和預防沖擊性頭痛的雙重效果。
